國防部組織體系：區分國防部本部、參謀本部、直屬機關、軍事機關、軍事機構。部本部單位:戰略規劃司、資源規劃司、法律事務司、整合評估司、總督察長室、國防採購室、政務辦公室、人事室、政風室、主計室；參謀本部:人事參謀次長室、情報參謀次長室、作戰及計畫參謀次長室、後勤參謀次長室、通信電子資訊參謀次長室、訓練參謀次長室；直屬機關:政治作戰局、軍備局、主計局、軍醫局、全民防衛動員署；軍事機關:陸軍司令部、海軍司令部、空軍司令部及其他軍事機關；軍事機構:憲兵指揮部、資通電軍指揮部。
依據中華民國憲法所昭示，我之國防係以保衛國家安全，維護世界和平為目的，而我當前國防理念、軍事戰略、建軍規劃與願景，均以預防戰爭為依歸，並依據國際情勢與敵情發展，制訂現階段具體國防政策，以「預防戰爭」、「國土防衛」、「反恐制變」為基本目標，並以「防衛固守，重層嚇阻」的戰略構想，建構具有反制能力之優質防衛武力。
尤以中共迄今始終不放棄以武促統，除持續增加對台導彈部署數量，並屢藉大型針對性演習，威嚇我政經穩定，而其近年經濟大幅成長，並多方挹注於國防軍備，發展軍事武力，故為維持台海穩定及避免產生兩岸軍力傾斜，一方面，我正朝透過建立兩岸軍事互信機制、形成海峽行為準則等方向努力；一方面，則在不與敵進行軍備競賽的情況下，建構基本防衛能力及發展反制武力，保衛國土安全。
就建軍規劃而言，國軍當前軍事發展，係致力於防禦及制空、制海等戰力的整建。近期並經縝密規劃與循序建案方式，戮力戰備急需裝備，期更有效提升主動防禦、反封鎖等能力，增加用兵彈性，並獲得戰略嚇阻能量。
就國防資源而言，國防人力朝募徵併行制方向規劃；國防財力秉持「精實節約」原則，考量建軍備戰優先順序，妥適財力分配，以有效支援建軍備戰；國防物力本諸「國防民生合一」政策，厚植國防科技能量於民間，以達成國防自主之目標。
最緊要者，實非建立全民國防共識莫屬，藉國家總體戰力的發揮，做好全民防衛動員，凝聚人民抗敵意志，發揮軍民整體力量，以保家、保產、保鄉，進而維護國家安全、生存與發展。
此外，國防部亦已將「救災」納入國軍正常任務，強化「國軍救災機制」與整體編裝，使能在符合「依法行政」的要求下，於第一時間投入災害救援，以使人民生命財產獲得充分的保障，並展現國軍與人民同舟共濟、軍民一體的精神。
綜觀近年來，國防部在軍事專業的考量下，不斷盱衡內、外環境的變遷，配合國家安全戰略的調整，並於兼顧民意需求，積極進行國防組織再造；同時亦在前瞻敵情威脅與作戰需求、結合國軍建軍願景、考量資源條件與提升聯合作戰效能等前提下，厲行軍事事務革新與精進。所追求者，不外乎建構一個權責相符、專業分工與高效率的國防體制，以達成國軍使命，不負國人的期盼。